社伝によると、福原遷都に際して平清盛の命を受けた大納言五条邦綱が、新しい都の鬼門鎮護のために京都の北野天満宮を勧請して社殿を造営し、僧信海に管理させたのが当社のはじめと伝えられている。
治承4年(1180)のことだという。
以後、神戸の北野天満神社の周辺は「北野」と呼ばれるようになった。
中世の武家の世の中では、当社はしばしば戦乱に巻き込まれた。南北朝の動乱期の湊川の戦いや、応仁の乱にかかわる兵庫の津焼き打ちなどでも被害を受け、幾度か衰退の憂き目を見た。特に戦国末期には、中国の毛利氏と結んだ荒木村重配下の花隈城に近かったため、織田信長の命で花隈城を攻めた池田氏がすぐそばに陣を敷き、北野天満神社も激戦に巻きこまれた。
太平の江戸時代になると、北野天満神社は北野村の鎮守として崇敬され、正保・寛保・文化年間には、本殿や拝
殿、神饌所が建設された。250年あまり前の延亨年間のある夜、神戸村のひとりの漁師が、真っ暗な和田岬の沖合いで嵐にあって遭難しかけた。このとき、北野天満神社のご神木から明るい光明がひと筋天に昇るのが見え、それを頼りに神戸の浜に帰り着くことができたという伝説も伝わっている。 明治になると、神戸に来住した外国人が、居留地返還に伴って、居留地の北にあたるこの辺り、北野町や山本通りに住みはじめ、異人館が立ち並んだ。福原の都の時代からエキゾチックな町並みまで、神戸の歴史を港の見える丘の上から眺め続けたきたのが、北野の天神さまなのである。
北野天満神社の境内からは、神戸港、神戸の中心地・三宮の景色が一望できます。「港が見える丘の」という冠詞の由来といえましょう。800年以上の長きに渡って神戸を見守り続けてきた、それが北野天満神社なのです。